조세심판원은 당초 과세관청과 같은 입장에서 추정이익 적용요건을 해석하 였다. 예컨대 조심2009서0258(2009. 12. 30.) 결정에서 과세관청은 특수관계자 사 이의 비상장주식 매매를 저가양도로 본 후, 보충적 평가방법을 적용하여 증여 세를 부과하였다. 납세의무자는 추정이익 적용사유의 존재를 이유로 추정이익 방법의 적용을 주장한 반면, 과세관청은 “추정이익 적용요건이 갖추어지지 않 은 이상 과거손익 가중평균 방법에 따른 증여세 부과처분이 적법하다”라는 입 장이었다. 조심2009서0258(2009. 12. 30.)

결정은 “비록 추정이익 적용사유가 인 정되기는 하나, 납세의무자가 신고기한 내에 신고를 하지 않은 이상 추정이익 방법을 적용할 수 없으므로 과거손익 가중평균 방법을 적용한 과세처분은 적법 하다”라고 결정함으로써 과세관청의 손을 들어 주었다. 그런데 조심2009서0258(2009. 12. 30.) 결정이 있기 이미 1년 전에, 대법원은 과 세관청의 유권해석 및 조세심판원 입장과 반대의 취지로 판결을 선고한 바 있 다. 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결은 “추정이익 적용요건을 갖추 지 못하였더라도 적용사유가 인정되면, 과거손익 가중평균 방법을 적용할 수 없다”라고 판시하였다. 조심2009서0258(2009. 12. 30.) 결정이 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결과 다른 입장을 취한 까닭이나 배경은 명확하지 않다.

그 후 후술하듯이 대법원은 2012년 이래 일련의 판결에서 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결 내용을 다시 명확히 확인하였다. 결국 조세심판원은 기존의 입장을 바꾸어 대법원 판결을 따르는 방향으로 돌아섰다. 대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 및 대법원 2012. 6. 14. 선고 2011두23306 판결 등 이 선고된 후에 나온 결정이 대표적이다. 조심 결정에서도 과세관청은 조심 결정에 나타난 기존 입장을 유지하였다. 그러나 조세심판원은 과세관청 입장을 배척하면서 대법원 판례를 따랐다.

조심2012중0557(2012. 11. 21.) 결정 에 의하면, 추정이익 적용사유가 존재하여 과거손익 가중평균 방법을 적용하는 것이 불합리한 이상 과거손익 가중평균 방법을 적용할 수 없고, 납세의무자가 1주당 추정이익을 신고하지 않았다고 하여 불합리한 것으로 인정되는 과거손 익 가중평균 방법을 적용할 수 없다. 이와 같은 결정은 대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 및 대법원 2012. 6. 14. 선고 2011두23306 판결 등의 판시 내용 과 매우 비슷하다.

특히 조심2012중0557(2012. 11. 21.) 결정은 조세심판관 합동 회의를 거친 것으로서, 이는 조세심판원이 조심2009서0258(2009. 12. 30.) 결정 등 종전 입장을 공식적으로 변경하였음을 뜻한다.36) 이후에도 조심2012중4819 (2013. 4. 8.) 결정 등 같은 취지의 조세심판원 결정이 계속 이어졌다. 요컨대 조세심판원은 당초 과세관청과 동일한 입장을 견지하였으나, 2012년 일련의 대법원 판결이 선고된 다음에는 대법원 판결과 같은 취지로 입장을 바 꾸어 지금에 이르고 있다

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